Die Geschäftsstelle der ARL in Hannover ist Management- und Koordinationseinrichtung sowie Impulsgeber für das personelle Netzwerk. Sie organisiert die laufende Arbeit und unterstützt die Tätigkeit der Organe und Forschungsgremien. Die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter sind an den Forschungs- und Beratungsvorhaben beteiligt und erfüllen Informations- und Beratungsaufgaben, die einen wesentlichen Bestandteil der Servicefunktion der ARL ausmachen.

Die Geschäftsstelle besteht aus der Leitung (Generalsekretär), den Referaten mit wissenschaftlichen Aufgaben und Referaten mit Aufgaben zentraler Dienste. Letztere sind in der Zentralabteilung zusammengefasst.